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以苹果资源、育种和新品种开发为研究对象，研究方向为：


（1） 资源鉴定、评价与育种技术研究
召开主要品种和砧木的收集保存，对主要资源召开生物学和农艺性状、次生代谢物等的精细鉴定；研究建立苹果的遗传转化体系；苹果抗性和果实相关性状的基因定位、挖掘和功能验证，开发分子标记，召开基因组育种技术研究；针对育成品种华硕，召开其果实硬度关键基因和调控因子的挖掘与功能验证研究。

（2） 新品种选育新品种区域化评价
坚持多元化育种目标，持续、深入进行岗位育种研发，建立相对稳定的多目标育种群体；完善杂种后代筛选评价，筛选贮备不同目标的优良单株；完善新品种区域化评价体系，对已育成品种在不同生态区适应性进行评价，确定新品种的最佳生态适宜区域。

（3） 苹果砧木育种与评价利用
收集国内外应用的主要砧木类型，重新建立苹果砧木资源圃；研究矮砧的繁殖技术，建立苹果矮化自根砧苗木快速繁殖体系；召开砧木育种研究，筛选培育适宜不同生态区域的矮化、多抗砧木品种。

（4） 新品种配套栽培技术的研究、示范与推广
结合新品种区域化评价，在不同生态区进行新品种的示范推广；召开新育品种砧穗组合筛选和评价研究；以节约成本、节约资源和优质、丰产、高效、安全为攻关目标，组装矮化栽培技术体系；召开苹果新品种和矮化砧木的脱毒和无病毒苗木的繁育技术研究。